ÚŠKVBL je orgánom štátnej správy s celoštátnou pôsobnosťou a medzinárodným dosahom. Na jeho čele je generálny tajomník služobného úradu.
ÚŠKVBL je samostatnou rozpočtovou organizáciou so samostatnou právnou subjektivitou, finančnými vzťahmi zapojený na rozpočet štátnej veterinárnej a potravinovej správy. Má spôsobilosť vystupovať vlastným menom pri uzatváraní zmlúv, majetkovo-právnych, pracovných a iných vzťahov. ÚŠKVBL tvorí jednotný, funkčný, organizačný a hospodársky celok.
Postavenie ÚŠKVBL v štruktúre štátnej správy dokumentuje nasledujúca schéma:
- Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR (Ministry of Agriculture and Rural Development of SR)
- Štátna veterinárna a potravinová správa (State Veterinary and Food Administration of SR)
- Ústav štátnej kontroly veterinárnych biopreparátov a liečiv Nitra (Institue for State Control of Veterinary Biologicals and Medicaments)